Verso la metà del secolo XIV, una piazza di Genova, davanti al palazzo della famiglia Fieschi. Paolo Albiani sta tramando per far eleggere alla carica di doge un plebeo e convince il capopopolo Pietro a far convergere i favori su Simon Boccanegra, un corsaro che ha acquisito grandi meriti liberando le coste dai pirati africani. Paolo incontra quindi lo stesso Simone e lo convince ad accettare l’elezione anche per poter finalmente sposare l’amata Maria, figlia del nobile Jacopo Fieschi, nonostante la fiera opposizione del padre. Dall’unione dei due giovani è già nata una bambina. Dopo che Paolo ha ufficialmente proclamato davanti al popolo il nome del candidato, nella piazza rimasta vuota si avanza Fiesco, che piange l’improvvisa scomparsa della figlia Maria e impreca contro Boccanegra che la ha sedotta. Giunge Simone e si scontra immediatamente con Fiesco: il corsaro, che ignora la sorte di Maria, dapprima implora il perdono e poi offre il petto alla vendetta di Fiesco. Questi, colpito dal gesto di Simone, gli offre il suo perdono, a patto che gli venga consegnata la figlia di Maria. Boccanegra confessa di non poter esaudire questo desiderio: la bimba è infatti scomparsa dalla casa ove era custodita da una donna, che Simone stesso aveva trovato morta; Fiesco rifiuta allora ogni riconciliazione e si allontana. Simone, deciso a rivedere la donna amata, si avvicina al palazzo: scopre con sorpresa che la porta è aperta, entra e lancia un grido straziato quando scopre il cadavere di Maria. Ritorna sconvolto sulla piazza proprio mentre entra una gran folla, guidata da Paolo e Pietro, che lo acclama nuovo doge.
Sono trascorsi venticinque anni: nel giardino di palazzo Grimaldi, ove Amelia attende l’amato Gabriele Adorno; questi è un gentiluomo che, insieme ad Andrea, tutore di Amelia (che altri non è se non il vecchio Jacopo Fiesco), sta organizzando una congiura contro il doge. Giunge Adorno e Amelia gli manifesta tutta la sua ansia per i pericoli cui si espone e tenta inutilmente di convincerlo ad abbandonare i suoi progetti. Adorno apprende poi da Andrea che Amelia non è una Grimaldi, ma una trovatella adottata dalla nobile famiglia, e che il doge ha messo gli occhi su di lei per impadronirsi delle sue ricchezze. Boccanegra, in realtà, tenta di assecondare i desideri di Paolo Albiani su Amelia e proprio per perorare la sua causa giunge in casa Grimaldi. Amelia, toccata dall’umanità del doge, decide di svelargli le sue vere origini; dal suo racconto, Simone capisce che la giovane è proprio quella figlia che credeva di aver perduto. Padre e figlia si riconoscono e si abbracciano. Albiani, costretto dal doge a rinunciare ad Amelia, ne progetta insieme a Pietro il rapimento. Nella grande sala del Consiglio, nel Palazzo degli Abati, ove Boccanegra sta inutilmente tentando di convincere i senatori a trattare la pace con Venezia. D’improvviso, il clamore di una sommossa invade la sala: il doge fa annunciare l’apertura delle porte del palazzo e una moltitudine di patrizi e plebei fa irruzione nella sala. Adorno comunica al doge di aver ucciso Lorenzino, un popolano, poiché aveva rapito Amelia Grimaldi e aggiunge che l’uomo, prima di spirare, ha confessato di essere stato spinto al crimine da un uomo molto potente. Adorno, accusando il doge, gli si scaglia contro con la spada, ma proprio in quel momento giunge Amelia, che fa scudo con il suo corpo a Boccanegra. La giovane, sollecitata dal doge, racconta poi le fasi del suo rapimento, e di come Lorenzino l’abbia lasciata fuggire per timore della reazione del doge, svelandole nel contempo il nome di colui che aveva architettato il rapimento. Amelia, con intenzione, fissa Albiani. Tutti vogliono sapere il nome del colpevole e ciò determina un altro scontro tra patrizi e plebei, sui quali si erge con forza il doge. Boccanegra infine, con accenti terribili, si rivolge ad Albiani, costringendolo a maledire pubblicamente l’autore del misfatto: Albiani, con orrore, scaglia di fatto la sua maledizione contro se stesso, subito imitato da tutti gli astanti.
Negli appartamenti del doge. Paolo, deciso a vendicarsi, avvelena la brocca dalla quale dovrà bere Simone; ordina poi di introdurre il prigioniero Fiesco e tenta inutilmente di convincerlo ad assassinare il doge nel sonno. Rivolge quindi la stessa proposta ad Adorno, facendo leva sulla sua gelosia per Amelia. Rimasto solo, Adorno medita su quanto udito da Albiani e all’arrivo di Amelia l’accusa apertamente: la giovane, non potendo svelare il segreto, ammette di amare il doge, ma sostiene con forza di essere fedele ad Adorno. All’arrivo del doge, Adorno si nasconde. Amelia tenta di intercedere per lui, dopo che Boccanegra le ha rivelato che il nome di Adorno figura in una lista di congiurati. Il doge impone quindi alla figlia di allontanarsi, beve un sorso d’acqua dalla brocca avvelenata e si assopisce. Gabriele torna per trucidarlo, ma il doge si sveglia e accusa Adorno di volerlo derubare dall’unico tesoro: sua figlia. Lo stupore e il pentimento di Adorno commuovono Boccanegra, che benedice l’unione dei due giovani; Adorno, che non vuole più combattere contro il doge, si offre come mediatore di pace.
Nel palazzo ducale. Si odono le grida dei plebei che hanno sconfitto i patrizi e inneggiano al doge: Fiesco viene liberato e Paolo, passato tra i rivoltosi, mentre viene condotto al patibolo rivela a Fiesco di aver avvelenato Simone e organizzato il rapimento di Amelia. Giunge il doge, che comincia a sentire i primi effetti del veleno, e Fiesco gli si rivela nella sua vera identità. Boccanegra può finalmente ottenere il suo perdono, svelandogli di aver ritrovato in Amelia Grimaldi la figlia che credeva perduta. Sopraggiungono Amelia e Gabriele e il doge, dopo averli benedetti e aver nominato Adorno suo successore, spira fra le loro braccia.
