Paolo und Pietro beschliessen, durch ihren Einfluss beim Volk den Korsaren Simon Boccanegra, einen Mann des Volkes, zum neuen Dogen wählen zu lassen. Simon stimmt schliesslich zu, weil er hofft, dann Maria, Fiescos Tochter, wiederzusehen und endlich heiraten zu können. Der adelsstolze Patrizier Fiesco weigert sich nämlich, seine Tochter einem Plebejer zur Frau zu geben, selbst als sie ein Kind von ihm erwartete. Er liess Maria einsperren, sie ist vor kurzem gestorben. Fiesco ist nicht bereit, unter der Herrschaft der Plebejer zu leben und will ins Exil gehen. Er trifft vor seinem Palast auf Simon und verschweigt ihm den Tod seiner Tochter, ist aber zur Aussöhnung geneigt, wenn Simon ihm seine kleine Tochter zur Erziehung übergebe. Diesen Wunsch kann Simon nicht erfüllen, weil sein Kind entführt worden ist. Die Männer scheiden unversöhnt. Der in Fiescos Palast eindringende Simon findet zu seinem Entsetzen Marias aufgebahrte Leiche. Das Volk begrüsst Simon, der erschüttert aus dem Palast kommt, jubelnd als neuen Dogen.
Fünfundzwanzig Jahre sind vergangen, Simon ist immer noch Doge. Amella erwartet im Garten des Hauses Grimaldl ihren Geliebten Gabriele Adorno. Weil der Doge sie mit seinem Kanzler Paolo verheiraten will, verspricht der geheimnisvolle Pater Andrea, den Amelia wie einen Vater liebt, sie sofort mit Gabriele zu vereinen. Unter dem Namen Pater Andrea verbirgt sich Fiesco, der Gabriele mitteilt, dass Amelia ein Kind des Volkes ist, das von der Gräfin Grimaldi an Kindes Statt aufgenommen wurde. Als der Doge erscheint und für Paolo wirbt, findet er in Amelia seine Tochter Maria wieder, die ein Amulett ihrer Mutter bei sich trägt, das dem seinen vollständig gleicht. Der Doge weist Paolos Werbung schroff ab. Dieser schwört Rache und will Maria entführen lassen.
Der Senat unter Vorsitz des Dogen tagt und beschliesst nach Boccanegras eindringlichem Appell, mit Venedig Frieden zu halten. Da dringt eine erregte Volksmenge in den Saal und verlangt Sühne für Lorenzos Tod, der von Gabriele bei Amelias Befreiung getötet wurde. Dieser glaubt, dass der Doge seine Braut entführen liess. Amelia kann den Dogen, der von Gabriele angegriffen wird, rechtfertigen und erklärt, dass sich der Anstifter der Tat noch im Saal befindet. Plebejer und Patrizier beschuldigen sich gegenseitig. Der Doge stellt die Ruhe wieder her und fordert Paolo, in dem er den Übeltäter vermutet, auf, den Schuldigen zu verfluchen.
Paolo hat Boccanegra Rache geschworen und berät sich im Dogenpalst mit Pietro. Dieser entfernt sich, um Gabriele und Fiesco, die zur Klärung der Vorgänge festgehalten worden sind, aus dem Gefängnis zu holen. Inzwischen schüttet Paolo Gift in den Becher des Dogen. Dann versucht er, Fiesco und Adorno zum Aufstand und Mord an Simon zu überreden. Fiesco lehnt ab, Gabriele erklärt sich bereit, den vermeintlichen Nebenbuhler zu töten. Der Doge betritt den Raum, trinkt erschöpft aus seinem Becher und schläft ein. Gabriele versucht, Simon zu erdolchen, wird jedoch von Amelia daran gehindert und erfährt, dass Simon der Vater seiner Braut ist. Er bittet um Verzeihung und hilft, den beginnenden Aufstand der Patrizier niederzuschlagen .
Die Aufständischen sind besiegt worden. Fiesco begegnet Paolo, der auf der Seite der Rebellen mitgekämpft hat und gesteht, dass Simon von ihm vergiftet wurde. Der Verräter wird zum Tode geführt. Der kranke Doge erlebt, dass Amelia und Gabriele getraut werden. Dann teilt ihm Fiesco mit, dass Paolo ihn vergiftet hat. Simon und Fiesco, der erfährt, dass Amelia seine verschwundene Enkelin ist, versöhnen sich. Der Doge stirbt, nachdem er Amelia und Gabriele, den er zum Nachfolger bestimmt, gesegnet hat.