Paolo et Pietro, deux hommes du peuple, complotent pour faire élire doge le corsaire Simon Boccanegra (baryton). Ce dernier, que le pouvoir n’interesse pas, espère ainsi épouser Maria, la fille de l’ancien doge, le patricien Jacopo Fiesco. Or elle vient de mourir et la petite fille née de leur amour a disparu. Fiesco refuse son pardon à Simon tant que l’enfant ne lui sera pas confié. Dehors, le peuple acclame Simon le nouveau doge.
Vingt-cinq ans plus tard, plébéiens et patriciens s’entredéchirent toujours et Fiesco, dissimulé sous le faux nom d’Andrea, conspire toujours contre le doge. Il est aussi le tuteur d’Amelia, une orpheline qu’il a recueilli et qui attend son bien-aimé Gabriele, un jeune guelfe. Or le doge a promis la main d’Amelia à Paolo qu’elle déteste. Au moment où Simon lui parle de ce mariage, il découvre qu’Amelia est sa fille. Il se jure protection réciproque et Simon refuse alors qu’elle épouse Paolo sous la contrainte. Ce dernier, fou de rage, aidé de Pietro, fait enlever la jeune fille. Gabriele, convaincu que Simon est à l’origine du rapt, le provoque en duel. Amelia réapparaît, s’interpose entre les deux hommes, et prend la défense de son bien aimé. Simon annonce l’arrestation de Gabriele et de Fiesco/Andrea jusqu’à ce que les comploteurs aient été démasqués. Il prononce enfin une malédiction à l’encontre du traître dissimulé parmi eux, à laquelle Paolo tout tremblant doit se joindre.
Paolo, veut se venger ; il projette d’empoisonner le doge et convainc Gabriele de le suivre, en le persuadant que Simon abuse d’Amelia. Lorsque Gabriele surgit pour poignarder le doge, qui a bu une gorgée du poison versé par Paolo dans une coupe, Simon lui révèle qu’Amélia est sa fille; il renonce dès lors à son plan, demande grâce et jure fidélité au doge qui lui pardonne. Mais, dehors, la rébellion gronde. Simon accorde à Gabriele la main de sa fille et l’envoie calmer la révolte.
Gabriele est victorieux des rebelles. Paolo est arrêté puis exécuté, non sans avoir révélé à Fiesco/Andrea que le doge ne lui survivra pas longtemps. Ce dernier révèle à Simon, épuisé par la douleur, sa véritable identité. Dès lors, le doge lui apprend qu’Amelia est sa petite fille et lui rappelle la promesse faite vingt-cinq ans plutôt. Le pardon et la réconciliation tant espérés unissent enfin les deux hommes. Avant d’expirer, Simon bénit le mariage d’Amelia et Gabriele, et désigne le jeune homme comme son successeur. Fiesco annonce au peuple la mort de Simon Boccanegra et présente Gabriele, le nouveau doge.
