L'opéra a été construit en deux ans par l'architecte Giuseppe Piermarini sur la commande de Marie-Thérèse d'Autriche après la destruction par le feu de l'ancien théâtre ducal. Il a été inauguré le 3 août 1778 en présence de l'archiduc Ferdinand d'Autriche avec l'opéra L'Europa riconosciuta d'Antonio Salieri et le ballet Apollo placato de Giuseppe Canziani. Le site choisi est celui de l'église Santa Maria della Scala qui avait été édifiée au XIVe siècle à l'initiative de Reine della Scala et qui fut démolie à cette occasion, laissant son nom au théâtre et son patrimoine artistique à l'église voisine de San Fedele.

Ce théâtre vit l'évolution de l'opéra italien avec Domenico Cimarosa, la création de plusieurs opéras majeurs du répertoire italien dont le Il turco in Italia de Rossini, Il Pirata (1827) et surtout Norma (1831) de Vincenzo Bellini. La salle souffre cependant de la concurrence des autres sites dont le Teatro Carcano situé dans la même ville et qui voit la création de plusieurs œuvres majeures.

C'est Giuseppe Verdi qui y fait les premières de plusieurs grandes œuvres et qui permet à la salle de parvenir au prestige actuel, même si ce dernier délaisse le lieu à partir de 1845. La Scala donne encore des représentations prestigieuses mais il n' y a plus guère de création majeure. Verdi revient alors avec Aida en 1872 (créée en Égypte l'année précédente), Otello (1887) et Falstaff en 1893.

La Scala a donné de nombreuses représentations des opéras de Richard Wagner ainsi que ceux des post-véristes.

Il fut également un lieu majeur de l'art chorégraphique. De nombreux ballets y sont représentés chaque année. Les plus grandes étoiles de la danse classique ont déjà foulé les planches de ce lieu mythique. On peut citer Carla Fracci, Sylvie Guillem, Rudolf Noureev, Maya Plisetskaya, Patrick Dupond, Margot Fonteyn, Alessandra Ferri et tant d'autres encore.

Il fut bombardé en 1943 et ne put rouvrir qu'en 1946.

Il a été fermé en 2001 pour une rénovation. La réouverture eut lieu le 7 décembre 2004 et on y interpréta la même œuvre de Salieri qu'à son inauguration, sous la direction de Riccardo Muti.

L'orchestre de la Scala a eu un certain nombre de chefs prestigieux, le plus célèbre étant sans doute Arturo Toscanini qui y a débuté en 1898 avec Les Maîtres Chanteurs de Nuremberg et y poursuit une carrière jusqu'en 1929 date où il quitte l'Italie en raison de son opposition au fascisme et rejoint les États-Unis. Il a été suivi, entre autres par Tullio Serafin, Herbert von Karajan, Lorin Maazel, Claudio Abbado et Riccardo Muti, ce dernier donnant sa démission en 2005 après des mouvements sociaux.