Chiuso nel suo laboratorio il vecchio dottor Faust si interroga sulla vanità delle sue ricerche. Si odono dall’esterno canti che salutano la primavera e la resurrezione. L’eco gioiosa di tali voci getta Faust nella disperazione. Deciso a suicidarsi, invoca in un sussulto blasfemo il demonio. Appare Mefistofele che gli offre fortuna, gloria e potenza. Gli doni piuttosto la giovinezza, replica Faust: essa è un tesoro che contiene ogni cosa. Una piccola formalità e avrà ciò che chiede, risponde Mefistofele; si tratta di cedere l’anima per l’eternità. Davanti all’esitazione di Faust, Mefistofele fa apparire l’immagine meravigliosa di Margherita. Detto fatto, il vecchio dottore firma il patto e viene trasformato in un giovane elegantissimo pronto ai piaceri della vita.
A la kermesse c’è un brulicare di popolo vociante. Valentino, in procinto di partire per la guerra, affida la sorella Margherita alle cure dell’amico Siebel; per se stesso non teme, sarà protetto dalla medaglia sacra che Margherita gli ha donato. Si unisce quindi ai compagni d’arme: ci sarà qualcuno che vorrà intonare una canzone lieta per scacciare la tristezza? Si offre Wagner ma è interrotto dall’arrivo di Mefistofele. Sarà il nuovo arrivato a cantare. Applaudito come cantante, Mefistofele si esibisce quindi come indovino: predice a Wagner la morte in battaglia, a Valentino la stessa sorte in duello, a Siebel che non potrà più toccare fiori senza che appassiscano. Alza quindi un brindisi «alla salute di Margherita». È veramente troppo per Valentino: estrae la spada ma gli si spezza in due. Che sia un sortilegio satanico? Meglio scacciare lo stregone con le spade messe a forma di croce. Mefistofele si allontana imbattendosi in Faust. È tempo gli faccia incontrare Margherita, lo rimprovera il dottore. Solo un momento e la vedrà, ribatte Mefistofele. Ecco infatti la ragazza uscire dalla chiesa, mentre si scatena un valzer vorticoso. Mentre Mefistofele allontana Siebel, Faust può avvicinare Margherita che, con garbo respinge le profferte amorose del cavaliere. A Faust, sempre più innamorato, Mefistofele promette il proprio aiuto.
Un giardino sul retro della casa di Margherita, al crepuscolo. Giunge Siebel, che coglie fiori per Margherita. Non fa a tempo a toccarli, però, che avvizziscono. Bagna allora la mano con l’acqua benedetta e il sortilegio svanisce. Raggiante, depone i fiori sulla soglia, mentre entrano Faust e Mefistofele. Faust è rapito dall’incanto del luogo, vorrebbe fuggire ma Mefistofele lo richiama all’ordine e depone un cofanetto di gioielli di fianco ai fiori di Siebel. Ecco giungere Margherita, assorta nell’immagine del giovane incontrato la mattina; si pone all’arcolaio e canta la ballata del re di Thulé. D’un tratto si accorge dei fiori e del cofanetto, e non resiste alla tentazione di indossare i gioielli. Entra la vecchia Marta. Tutto quello che vede le sembra il dono di un ricco innamorato e se ne compiace con Margherita. Si fanno avanti Faust e Mefistofele. Quest’ultimo annuncia a Marta la morte del marito e inizia, subito dopo, a corteggiarla. La vecchia si consola in fretta della vedovanza e passeggia compiacente con Mefistofele. Faust può così stringere d’assedio Margherita, che questa volta lo ricambia; si rifugia però in casa quando la corte diviene troppo pressante. Faust vorrebbe fuggire, felice del momento vissuto, ma Mefistofele lo trattiene: non gli interessa ascoltare ciò che Margherita confesserà alle stelle? Ecco infatti la ragazza affacciarsi alla finestra e, credendosi sola, dichiarare tutto il proprio amore. Faust allora, travolto dalla passione, si palesa a Margherita che gli si abbandona fra la braccia tra le risate sardoniche di Mefistofele.
Sedotta e abbandonata da Faust, Margherita <è fuggita e schernita da tutti; solo Siebel le è rimasto fedele. Intenzionata a cercare conforto in Dio entra in una chiesa ma è tormentata da Mefistofele, che le ricorda il passato e le preannuncia la dannazione. Tornano i soldati dalla guerra; tra loro è Valentino che non tarda ad apprendere da Siebel ciò che è successo. Entrano Faust e Mefistofele: il primo vuol rivedere Margherita, il secondo allora, per farla affacciare, le intona una serenata offensiva. Giunge furibondo Valentino che sfida Faust a duello, ma è una lotta impari; il dottore, aiutato magicamente da Mefistofele, ferisce l’uomo che cade a terra moribondo. Mentre i due fuggono ecco accorrere Marta, Margherita e un gruppo di borghesi. Prima di spirare, Valentino maledice la sorella.
Mefistofele conduce Faust nel suo regno, le montagne dello Harz. È la notte di Valpurga. A un cenno di Mefistofele il paesaggio sinistro si muta in un palazzo meraviglioso: le regine e le celebri cortigiane dell’antichità si offriranno a Faust per ottenebrare il ricordo del passato. Ma ecco apparirgli d’improvviso la visione di Margherita, il collo cerchiato di sangue. Turbato, Faust ordina a Mefistofele di condurlo da lei. Margherita langue in prigione: presa dalla disperazione ha ucciso il figlio avuto da Faust e deve essere giustiziata all’alba. Giunge Faust; Margherita, fuori di sé, lo abbraccia e rievoca il passato. Inutilmente Faust cerca di riportarla alla ragione e convincerla a fuggire. Quando Margherita si avvede della presenza di Mefistofele, invoca le potenze celesti, respinge Faust e cade a terra morta. «Dannata» grida Mefistofele, «Salvata» canta un coro celeste, che chiude l’opera inneggiando alla resurrezione.
