Tamino, un apuesto príncipe perdido en una tierra lejana es perseguido por una serpiente y pide a los dioses que lo salven. Aterrado se desmaya y tres damas - asistentes de la Reina de la Noche - aparecen y matan al monstruo. Encuentran al príncipe inconsciente extremadamente atractivo y cada una de ellas intenta convencer a las otras para que se vayan. Después de discutir, de mala gana deciden irse juntas. Tamino se despierta, sorprendido al encontrarse todavía vivo. Papageno se acerca vestido de ave: trae pájaros que ha cazado para hacer truque con la reina a cambio de comida y vino. Describe su vida como un cazador de aves, quejándose por no tener esposa o novia. Tamino se presenta a Papageno, pensando que Papageno mató a la serpiente. Papageno felizmente toma el crédito - alegando que la estranguló con sus propias manos. Las tres damas reaparecen repentinamente y, en lugar de darle a Papageno pastel e higos, le dan agua, una piedra y le colocan un candado en la boca como advertencia para que no mienta. También entregan a Tamino un retrato de la hija de la Reina de la Noche, Pamina, de quien Tamino se enamora instantáneamente. Las mujeres relatan a Tamino cómo Pamina ha sido capturada por Sarastro, a quien describen como un demonio poderoso y malvado. Tamino jura rescatar a la princesa. La Reina de la Noche aparece y promete a Tamino que Pamina será suya si la rescata de Sarastro. La reina desaparece y las damas sacan el candado de la boca de Papageno con la advertencia de que ya no debe mentir. Obsequian a Tamino una flauta mágica que tiene el poder de transformar la tristeza en alegría. Ordenan a Papageno acompañar a Tamino, y le regalan campanas mágicas para su protección. Las Damas presentan tres espíritus infantiles, quienes guiarán a Tamino y Papageno al templo de Sarastro. Juntos Tamino y Papageno emprenden viaje.

Pamina es arrastrada por los esclavos de Sarastro, aparentemente habiendo tratado de escapar. Monostatos, el negro jefe de los esclavos, ordena que la encadenen y la dejen solo con él. Llega Papageno, enviado por Tamino para ayudar a encontrar a Pamina. Monostatos y Papageno se asustan de la extraña apariencia del otro y ambos huyen. Papageno regresa y le anuncia a Pamina que su madre ha enviado a Tamino para salvarla. Pamina se regocija al saber que Tamino está enamorado de ella. Ofrece simpatía y esperanza a Papageno, quien anhela una esposa. 

Los tres espíritus infantiles llevan a Tamino al templo de Sarastro, prometiendo que si sigue siendo paciente, sabio y firme, logrará rescatar a Pamina. Tamino se acerca a la entrada de la izquierda y las voces desde dentro le niegan el acceso. Lo mismo sucede cuando va a la entrada de la derecha. Pero desde la entrada en el medio, aparece un viejo sacerdote que deja entrar a Tamino. Le dice a Tamino que Sarastro es benevolente, no malvado y que no debe confiar en la Reina de la Noche. Promete que la confusión de Tamino se levantará cuando se acerque al templo con espíritu de amistad. Tamino toca su flauta mágica. Los animales aparecen y bailan, cautivados, a su música. Tamino escucha que las campanas de Papageno suenan a lo lejos y se apresura a buscarlo. Papageno y Pamina buscan a su vez a Tamino, pero son recapturados por Monostatos y sus esclavos. Papageno toca sus campanas mágicas, y Monostatos y sus esclavos comienzan a bailar, y se marchan aún bailando, hipnotizados por la belleza de la música. Papageno y Pamina escuchan el sonido de la comitiva de Sarastro acercándose. Papageno se asusta y le pregunta a Pamina qué deben decir. Ella responde que deben decir la verdad. Sarastro entra, con una multitud de seguidores. Pamina cae a los pies de Sarastro y confiesa que intentó escapar porque Monostatos había intentado abusar de ella. Sarastro la recibe con amabilidad y le asegura que sólo desea su felicidad. Pero se niega a devolverla a su madre, a quien describe como una mujer orgullosa y testaruda, y una mala influencia para quienes la rodean. Pamina, dice, debe ser guiada por un hombre.

Monostatos trae a Tamino. Los dos amantes se ven por primera vez y se abrazan, causando indignación entre los seguidores de Sarastro. Monostatos le dice a Sarastro que atrapó a Papageno y Pamina tratando de escapar, y exige una recompensa. Sarastro, sin embargo, castiga a Monostatos por su comportamiento lujurioso hacia Pamina, y lo despide. Anuncia que Tamino debe someterse a juicios de sabiduría para ser digno esposo de Pamina. Los sacerdotes declaran que la virtud y la justicia santificarán la vida y harán que los mortales sean como dioses. El consejo de sacerdotes de Isis y Osiris, encabezado por Sarastro, entra al sonido de una marcha solemne. Sarastro les dice a los sacerdotes que Tamino está listo para pasar por las pruebas que conducirán a la iluminación. Invoca a los dioses Isis y Osiris, pidiéndoles que protejan a Tamino y Pamina.

Tamino y Papageno son conducidos por dos sacerdotes para el primer juicio. Los dos sacerdotes avisan a Tamino y Papageno de los peligros que se les presentan, les advierten contra las artimañas de las mujeres y los hacen jurar silencio. Las tres damas aparecen e intentan asustar a Tamino y Papageno para que hablen. Papageno no puede resistirse a responder, pero Tamino permanece distante, instruyendo airadamente a Papageno para que no escuche las amenazas de las damas y se quede callado. Al ver que Tamino no les habla, las damas se retiran confundidas.