Prinz Tamino hat sich auf der Jagd verirrt und wird waffenlos von einer Riesenschlange verfolgt. Er ruft um Hilfe und fällt vor Erschöpfung in Ohnmacht. Im letzten Augenblick retten ihn drei Damen aus dem Gefolge der Königin der Nacht, die das Ungeheuer töten und entschwinden. Der Vogelfänger Papageno in einem Federkleid und mit einem Vogelkäfig springt herein. Der Prinz erwacht und hält Papageno, der sich prahlerisch seiner Heldentaten rühmt, für seinen Lebensretter. Die drei Damen erscheinen wieder und bestrafen den Lügner, indem sie ihm ein Schloss vor den Mund hängen. Tamino erhält Paminas Bild, in das sich der Prinz sofort verliebt. Die Königin der Nacht zeigt sich dem Prinzen und verspricht ihm Paminas Hand, wenn er sie aus der Gewalt des bösen Zauberers Sarastro, der ihre Tochter entführt hat, rette. Tamino ist bereit und erhält eine Zauberflöte, die ihn vor allen Gefahren schützen wird. Papageno bekommt ein wundersames Glockenspiel. Das Schloss von Papagenos Mund ist entfernt. Drei Knaben zeigen beiden den Weg zu Sarastros Palast.
Dort will sich der schwarze Wächter Monostatos Pamina nähern. Er erschrickt fürchterlich, als er Papageno plötzlich vor sich sieht. Papageno und Monostatos halten sich gegenseitig für den Teufel und laufen fort. Papageno überwindet seine Furcht, kehrt zurück und erzählt der überraschten Pamina, dass Prinz Tamino zu ihrer Befreiung unterwegs ist. Und weil Papageno betrübt gesteht, selbt keine Geliebte zu haben, macht ihm Pamina Mut für die Zukunft.
Tamino ist inzwischen in einen Hain mit drei Tempeln geführt worden, wo ihm ein alter Priester kundtut, dass Sarastro kein böser Zauberer, sondern ein Wohltäter sei, dem man Gehorsam schulde. Inzwischen fliehen Pamina und Papageno. Vergeblich versucht Monostatos, die Flüchtigen mit seinen Sklaven zurückzuhalten. Er muss, nachdem nun das Glockenspiel ertönt, mitsamt seinen Dienern unaufhörlich tanzen. Sarastro mit seinem Gefolge hält Papageno und Pamina auf. Er verzeiht; Pamina fällt freudig in die Arme Taminos, der noch geläutert werden soll. Pamina muss an Sarastros Hof bleiben; Monostatos erhält für seine »Dienste« eine Anzahl Sohlenhiebe.
Sarastro bedeutet seinen Priestern, dass Tamino und Pamina einander bestimmt sind. Der Prinz müsse jedoch eine Reihe von Prüfungen hinter sich bringen, bevor er in den Tempel der Weisheit aufgenommen werden könne. Tamino und Papageno werden mit verhülltem Haupt hereingeführt und belehrt. Tamino wird gefragt, ob er entschlossen ist, selbst unter Gefahr seines Lebens Prüfungen zu bestehen. Der Prinz gelobt dies. Papageno entschliesst sich, den Prinzen zu begleiten, nachdem ihm ein Mädchen versprochen wird. Tamino und Papageno sollen ihre Frauen nur sehen, aber nicht sprechen dürfen.
Unter Donner und Blitz erscheinen die drei Damen und prophezeien den Prüflingen einen nahen Tod. Standhaft widerstehen Tamino und Papageno, die damit ihre erste Probe abgelegt haben. Die drei Damen werden durch Priester, die zu neuen Prüfungen geleiten, vertrieben.
Als sich Monostatos wieder zu der schlafenden Pamina schleicht, wird er durch die Königin der Nacht gestört. Ängstlich versteckt sich der Mohr, um zu lauschen. Die Königin verlangt von ihrer Tochter, Sarastro zu töten und ihr den siebenfachen Sonnenkreis, der die grösste Macht in sich birgt, zurückzubringen. Der Mohr entreisst Pamina den von ihrer Mutter erhaltenen Dolch. Er stellt das Mädchen vor die Wahl, ihn zu erhören oder alles Sarastro zu verraten. Schnell greift Sarastro helfend ein. Der um Milde für ihre Mutter bittenden Pamina versichert er, dass er Rache nicht kenne.
Tamino und Papageno werden in einen Tempel geführt, wo sie schweigen sollen, bis eine Posaune ertönt. Papageno kümmert sich nicht darum und plaudert ungeniert weiter. Plötzlich erscheint ein altes, hässliches Weib, das den entsetzten Papageno zum Mann nehmen möchte. Drei Knaben bringen die Flöte und das Glockenspiel zurück. Ein Tisch mit köstlichen Speisen wird sichtbar, die sich Papageno schmecken lässt. Tamino spielt auf seiner Flöte und sieht Pamina kommen. Als er die Geliebte, wie ihm aufgetragen, nicht beachtet, glaubt Pamina, er liebe sie nicht mehr und geht bekümmert davon.
Sarastro lässt Tamino und Pamina vor sich führen, damit sie sich voneinander verabschieden können. Der Prinz müsse noch zwei Aufgaben lösen, denen Papageno nicht mehr unterworfen werden soll. Dieser hält es mehr mit irdischen Genüssen. Als ihm das alte Weib vor die Augen tritt und sich in die junge, hübsche Papagena verwandelt, ist er entzückt. Ein Priester nimmt das junge Mädchen wieder fort, weil Papageno ihrer noch nicht würdig sei.
Die unglückliche Pamina versucht, sich zu töten. Die drei Knaben entwinden ihr den Dolch und führen sie mit der Versicherung, dass Tamino sie noch liebt, zu ihm. Auch Papageno möchte, nachdem ihm seine Liebste genommen wurde, sterben. Die drei Knaben retten ihn. Auf ihren Rat lässt er sein Glockenspiel erklingen und kann sogleich seine Papagena in die Arme schliessen.
Geharnischte führen Tamino, der die letzten Prüfungen zu bestehen hat. Pamina begleitet den Prinzen. Gemeinsam bestehen sie nun die Feuer- und Wasserproben und schreiten zum Tempel der Isis. Plötzlich sieht man, wie die Königin der Nacht, ihre Damen und der übergelaufene Mohr in den Tempel eindringen, um Sarastro zu verderben, unter Donner und Blitz jedoch in ewige Nacht stürzen. Sarastro an der Spitze seiner Priester segnet Tamino und Pamina, die in den Tempel einziehen und in den Kreis der Eingeweihten aufgenommen werden.
