Karl Haffner besuchte das Collegium Fridericianum in Königsberg. Schon mit 16 Jahren schloss er sich einer Wandertruppe an und durchzog als fahrender Komödiant Preußen, Sachsen, Schlesien, Österreich und Ungarn. Nach zehn Jahren wurde er Dramatiker und Theaterdichter am Pester Theater bei Feodor Grimm, nachdem er bereits vorher einige dramatische Versuche gemacht hatte.

In Pest schrieb er Trauerspiele wie Die Raubschützen, Die Locke des Enthaupteten, Blocks Totengruft, Schwarzenberg und Palffy und Batorys Tod, die den stürmischen Beifall des Publikums fanden. Der bekannte Theaterdirektor Carl Carl in Wien erkannte darin seltsamerweise Haffners Talent für die Lokalposse und engagierte ihn auf neun Jahre für das Theater an der Wien als Theaterdichter. Haffner musste sich zur Lieferung von elf Stücken im Jahr verpflichten und hat diesen Vertrag auch gehalten. Später wandte er sich dem Theater in der Josefstadt zu und redigierte zuletzt das satirische Wochenblatt Böse Zungen.

Seinen ersten größeren Erfolg erzielte Haffner mit dem romantisch-komischen Volksmärchen Marmorherz, das 1841 einen zweiten Preis erhielt und neben anderen dramatischen Dichtungen des Verfassers in seinem Österreichischen Volkstheater (1845 ff., 3 Bände) zu finden ist. Dauernd hat sich sein dreiaktisches Genrebild Therese Krones erhalten, in dem er den Raimund'schen Kreis auf die Bühne brachte. Außer Dramen schrieb Haffner auch mehr als 30 Bände Romane. Einer davon, Scholz und Nestroy (1864 bis 1866, 3 Bände), enthält Verschiedenes zur Geschichte seines Lebens.

Zusammen mit Richard Genée schrieb er das Libretto der Operette Die Fledermaus (Musik: Johann Strauß).

Die Kritik hat Haffner wenig aufmunternd und glimpflich behandelt, obgleich Humor und geschickte Charakterzeichnung seinen Stücken nicht abgesprochen werden können.

Er wurde auf dem Wiener Zentralfriedhof (3-4-41) in einem ehrenhalber gewidmeten Grab bestattet. Im Jahr 1955 wurde in Wien Donaustadt (22. Bezirk) die Haffnergasse nach ihm benannt.