L’Istitutrice, in viaggio verso Bly, esprime i suoi dubbi e le sue ansie prima dell’incontro con i due bambini. La governante Mrs. Grose, tempestata dalle domande di Miles e Flora, attende l’arrivo della nuova Istitutrice. Costei arriva finalmente a Bly, e Mrs. Grose le descrive l’ottima natura dei due ragazzi. L’Istitutrice è felice per il calore con cui viene accolta.
L’Istitutrice riceve un’incredibile missiva da parte della scuola di Miles, che la informa dell’espulsione del ragazzo per motivi disciplinari. Osserva Miles e ritiene che si tratti di un orrendo errore di valutazione, e decide con l’appoggio di Mrs. Grose di non informare nessuno dell’accaduto. Mentre l’Istitutrice passeggia tranquilla nel parco, assiste all’apparizione di uno strano individuo sulla torre. Si rende conto ben presto che si tratta d’uno sconosciuto e si allontana molto agitata. Entrano quindi i due bambini.
Flora e Miles giocano e cantano una nursery rhyme in una stanza della villa. Entra l’Istitutrice che vede attonita alla finestra l’immagine di Quint, che poi scompare. Ella cerca di saperne di più, e descrive nella massima agitazione l’uomo a Mrs. Grose, che immediatamente riconosce dalle sue parole Peter Quint, un servitore della villa legato da un torbido legame a Miss Jessel, la precedente istitutrice, e anche ai bambini. L’orrore s’impossessa della nuova arrivata quando capisce che tanto Quint quanto Jessel sono morti: capisce che su Bly incombe una malvagia situazione e che Quint è tornato a cercare il piccolo Miles. D’accordo con Mrs. Grose, l’Istitutrice decide di proteggere i piccoli da quelle presenze demoniache, in modo che non si accorgano di nulla.
L’Istitutrice sta dando ai ragazzi una lezione di latino, e Miles si dimostra preparatissimo. All’improvviso, il ragazzo si mette a cantare in modo stralunato una canzoncina basata sui diversi significati latini della parola «malo», che rivela per la prima volta il turbamento interno di Miles.
È mattina e l’Istitutrice è con i ragazzi in riva al lago del parco. Flora canta una ninna nanna alla sua bambola e all’improvviso si manifesta, sull’altra riva del lago, il fantasma di Miss Jessel, che subito si dissolve. L’Istitutrice è disperata: capisce che i bambini fanno finta di non vedere né sentire, ma sono perfettamente complici con i due spettri che vengono a cercarli.
Con un canto seducente Quint attira Miles a sé, e allo stesso modo Jessel chiama Flora. Si chiarisce il rapporto di possessione fra i quattro. I fantasmi si dissolvono all’arrivo nella camera da letto dell’Istitutrice e di Mrs. Grose. I ragazzi non stavano dormendo e sono chiaramente in uno stato ancora confusionale. Miles ripete all’Istitutrice: «Sono cattivo, sono cattivo».
Quint e Jessel si confermano nella loro intenzione di dominare le anime dei due ragazzi, in un duetto infernale. Frattanto, l’Istitutrice si lascia andare alla sua desolazione. Davanti alla chiesa, fuori scena si sentono le voci di Miles e Flora cantare un salmo, che dapprima sembra innocuo e poi man mano si trasforma in qualcosa di prossimo al blasfemo. «Stanno dicendo cose orrende», s’accorge l’Istitutrice, e Mrs. Grose le suggerisce di scrivere allo zio tutore dei ragazzi. Ella sa di non poterlo fare. Poi Miles la provoca, sostenendo di sapere ciò che ella pensa, e l’Istitutrice decide di abbandonare quel luogo demoniaco.
Tornata in casa, l’Istitutrice scopre al suo posto in aula la signorina Jessel, con la quale ha uno scambio drammatico. La creatura immateriale si dilegua e l’Istitutrice decide di scrivere al tutore.
Miles intona sinistramente la sua canzone “Malo, malo”, nella sua camera illuminata da una candela. Entra l’Istitutrice, che lo informa della lettera e cerca di riguadagnare la fiducia del ragazzo. Quint è però in agguato, e ancora dirige la volontà di Miles: si spegne la candela, e Miles s’autoaccusa del fatto. Il fantasma del cameriere spinge Miles a rubare la lettera dell’Istitutrice. Miles sta studiando il pianoforte, e il suo modo di suonare è ammirato da Mrs. Grose e dall’Istitutrice. La governante poi s’addormenta e Flora ne approfitta per uscire. È troppo tardi quando l’Istitutrice si accorge della fuga e si rende conto che Miles ha suonato soltanto per distrarre la loro attenzione e dar modo alla sorella di assentarsi e incontrarsi con Miss Jessel. Rimasto solo, Miles si trasforma da principiante della tastiera in un diabolico virtuoso.
L’Istitutrice ritrova Flora insieme a Miss Jessel: cerca di ottenere da lei una confessione riguardo alla presenza dello spettro, ma Flora ostinatamente nega. Mrs. Grose, che non riesce a vedere nulla di quanto sta accadendo, comincia a pensare che la mente dell’Istitutrice sia compromessa: quest’ultima sente ormai d’aver fallito ogni tentativo di salvare i due ragazzi.
Mrs. Grose si rende finalmente conto che sta succedendo qualcosa di estremamente grave, e dà ragione all’Istitutrice. Si decide allora di inviare Flora dallo zio, accompagnata dalla governante. A questo punto, l’Istitutrice rimane sola con Miles: è l’ultimo, drammatico confronto. Miles, amorevolmente guidato dall’Istitutrice, ammette d’aver rubato la lettera, benché Quint sia presente e lo inciti a negare. L’Istitutrice, in un autentico duello con lo spettro, riesce anche a far rivelare al ragazzo il nome del suo infernale compagno: «Peter Quint, you devil!». Invano, crede d’aver vinto: nelle sue braccia non resta che il corpo senza vita del piccolo Miles. Straziata e sconfitta, l’Istitutrice canta la canzone del ragazzo, “Malo, malo”, come una disperata trenodia.
