Le capitaine britannique Edward Fairfax Vere est hanté par un épisode tragique de sa vie où il a été mis à l’épreuve. Il s’interroge sur la nature du bien et du mal.
Parmi les recrues forcées de son navire de guerre L'Indomptable, un vaisseau de 74 canons, se trouve le marin Billy Budd, jeune, beau et fort, mais qui bégaie sous le coup de l’émotion. Le maître d’équipage, John Claggart, reconnaît immédiatement la valeur de ce jeune matelot. Mais celui-ci se fait remarquer en faisant ses adieux fervents aux Droits de l’homme, sans arrières-pensées, puisqu’il s’agit simplement du nom du navire marchand sur lequel il servait avant d’être recruté de force. Claggart décide de le harceler.
Le capitaine Vere invite ses officiers à prendre un verre. Ils discutent dans le carré et le capitaine prend la défense de Billy Budd et rassure ses officiers sur une éventuelle mutinerie. L’Indomptable entre dans les eaux ennemies, au large du Finistère. Mais Claggart révèle sa détermination, un incident qu'il provoque, pour mettre en cause Billy, ayant échoué, afin de le détruire, parce que sa bonté et sa beauté le mènent au désespoir. Il cherche alors à le corrompre avec des guinées, par le biais d’un novice pour, prétendument, fomenter une mutinerie.
Un combat naval commence mais s'enlise en raison du brouillard. Claggart profite de ce moment d’attente pour « révéler » au capitaine l’existence d’une mutinerie mais la brume se lève juste avant la révélation. Branle-bas de combat, une bordée est lâchée, mais faute de vent, le combat cesse. Claggart reprend aussitôt ses fausses accusations, même si le capitaine Vere ne veut pas y croire. Il décide de les confronter dans sa cabine. Lors de la confrontation, Billy sous le coup de l’émotion pour des accusations injustes bégaie : pour se défendre, il frappe alors Claggart et le tue sur-le-coup. Une cour martiale est alors constituée. Vere, témoin de la scène, convaincu de l’innocence de Billy, ne prend pas sa défense. En raison de l’application sévère du code de guerre, Billy est condamné à être pendu sur-le-champ. C’est Vere qui lui communique le verdict, en coulisse pendant qu’un enchaînement de trente-quatre accords parfaits à l’orchestre sigle cette rencontre en huis clos, cachée aux spectateurs.
Billy attend son exécution avec sérénité. Dansker lui apporte du grog et du biscuit. Mais il accepte son sort et refuse la mutinerie de l’équipage. La sentence est exécutée sur les derniers mots de Billy : « Starry Vere, que Dieu vous bénisse ! ». L’équipage tente une révolte mais est renvoyé dans les batteries.
Vere reconnaît avoir failli. Il sait que Billy l’a sauvé et l’a béni.
