Der alte Vere, ehemaliger Kapitän der »Indomitable«, erinnert sich wieder einmal an das Schicksal Billy Budds, den er nicht vergessen kann.
Während die Matrosen, von strengen Vorgesetzten angetrieben, ihr Schiffsdeck schrubben müssen, kehrt Leutnant Ratcliffe von Land zurück, wo er drei Männer zwangsrekrutiert hat. Claggart, der Schiffsprofos, fragt die Neuen aus, erhält aber bei dem stotternden Billy Budd nur lückenhafte Auskünfte, da dieser, ein Findelkind, nicht weiss, wann und wo er geboren wurde. Budd ist dem Profos sofort verdächtig und zuwider; er beauftragt Squeak, Billy zu überwachen. Dem Kapitän und den Offizieren gefällt der junge und frische Budd, der zum Vorschotmann bestimmt wird.
Das Schiff ist in See gegangen; man wartet auf den Feind. Nachdem er seine Mannschaft angefeuert hat, trinkt der Kapitän mit seinen Offizieren auf den erhofften Sieg. Da auf anderen Schiffen gemeutert worden ist, sind die Offiziere beunruhigt. Als Billy Budd Squeak beim Spionieren erwischt, schlägt er ihn nieder. Claggart ist daraufhin entschlossen, Billy zu vernichten. Er überredet einen Matrosen, Billy zur Meuterei zu verleiten, doch dieser schickt ihn wütend fort, da er seinen Kapitän verehrt und auf eine baldige Beförderung hofft. Warnungen von Freunden, die ihn auf Claggarts Machenschaften hinweisen, beachtet Billy Budd nicht.
Eine feindliche Fregatte wird gesichtet. Man macht klar zum Gefecht. Der Kampf wird durch dichten Nebel verzögert; als es endlich lichter wird, entkommt der Feind. Claggart eilt zum Kapitän und beschuldigt Billy Budd der Meuterei. Vere ist von Budds Unschuld überzeugt und stellt ihn dem Profos gegenüber. Ausser sich vor Wut über die falsche Anklage stürzt sich Billy auf Claggart und erschlägt ihn; der Täter wird nach dem Kriegsrecht zum Tode verurteilt.
Weil Claggart allgemein verhasst war, sind die Matrosen gegen die Vollstreckung des Urteils und murren. Billy Budd wird gefesselt gebracht, das Todesurteil verlesen, die Mannschaft soll das Deck räumen. Obwohl sich Dansker und andere Matrosen bereit finden, dem Verurteilten zu helfen, weist Billy Budd jede Unterstützung ab und stirbt, nachdem er dem Kapitän verziehen und für die Zukunft alles Gute gewünscht hat.
Als er die Angelegenheit immer wieder in allen Punkten überdacht hat, kommt der Kapitän zu dem Schluss, dass er Billy Budd auch gegen den Buchstaben des Gesetzes hätte freisprechen müssen. Da der Tote ihm aber verziehen hat, findet Vere seinen Frieden wieder.
