El Cuvilliés-Theater, completado en 1755, resultó ser demasiado pequeño para la creciente población de Munich. Así, en 1792, el entonces Elector de Bavaria Karl Theodor comisionó una nueva casa de ópera para ser construida por el arquitecto de la corte Maximilian von Vershaffelt. Sin embargo, el proyecto era demasiado complejo y llevaba demasiado tiempo y nunca fue completado, así que el nuevo Elector Max IV Joseph decide llamara a concurso. Todos aquellos que estaban involucrados con la arquitectura fueron invitados a enviar sus ideas para la construcción del edificio del siglo. El proyecto particularmente atrajo a un joven, Karl von Fischer, que apenas contaba con 20 años, nacido el 19 de septiembre de 1782 en Mannheim. Influenciado por los ideales de derechos de ciudadanos de la Revolución Francesa, diseñó un teatro abierto, donde los asientos no estuvieran ya divididos en filas y palcos.
El Director del Teatro Real Josef Marius von Bado estableció una pequeña sociedad por acciones para la construcción del Nationaltheater, pero los planes se debieron posponer por las Guerras Napoelónicas. En 1806, el Elector Max I Joseph se convirtió en Rey de Baviera, y Karl von Fischer fue su arquitecto principal. El Rey quedó tan impresionado por una visita al Théâtre de l’Odeón en París que ordenó se llevara a cabo un estudio para ver si el “Modelo Parisino” podía funcionar en Munich. En marzo de 1811, los planos editados de Karl von Fischer fueron aprobados por el Rey y el 26 de octubre de ese mismo año el Príncipe Ludwig puso la piedra fundacional.
La ejecución probó ser tan difícil como la planificación. Después de un año de construcción, los fondos estaban agotados. El duro invierno de 1813 y la campaña Rusa habían llevado a un alto en la construcción. Dado que no quedaban nuevos mecenas para ganar el Rey volvió a comprar las acciones y continuó construyendo a expensas del estado. Finalmente, el 12 de octubre de 1818, el teatro fue abierto. Habiendo recibido mucha crítica durante la construcción, Karl von Fischer no vio completar su gran proyecto: murió el 12 de febrero de 1820, con apenas 40 años.
Durante una función el 14 de enero de 1823, un incendio se inició en el escenario. El teatro se quemó hasta los cimientos. El Rey estaba inconsolable y el país entero se lamentaba con él. Finalmente, la ciudad de Munich se hizo cargo del costo completo de reconstrucción, que ascendió a 800,000 Florines. Bajo la dirección de Leo von Klenze, el teatro fue reconstruido en sólo dos años, incluyendo algunas pequeñas correcciones. El 2 de enero de 1825, el Nationaltheatre fue reabierto.
En la Segunda Guerra Mundial, el teatro fue destruido por segunda vez. En la noche del 3 de octubre de 1943, explosivos y bombas de fuego dieron en el Teatro. El calor fue tan intenso que derritió el marco de hierro del escenario. La reconstrucción del Residenztheater en 1951 ya había excedido el presupuesto, por lo que el Parlamento de Estado (Landtag) se opuso a la reconstrucción del Nationaltheater. No sólo eso, pero planificadores de la ciudad pidieron remover las ruinas completamente y hacer lugar para servicios de transporte en el centro de la ciudad. Por esta razón, un grupo de ciudadanos llamados “Amigos del Nationaltheater” fue fundado en 1952, que recolectó fondos adicionales y ganó apoyo popular para la reconstrucción del teatro.
En 1954, se estableció un concurso para el nuevo edificio. En un principio, un diseño fiel a la construcción original parecía inadmisible. El Ministerio de Cultura decidió desarrollar un proyecto presentado por Gerhard Graubner. Trabajando junto al entonces Arquitecto de Gobierno, Karl Fischer, crearon más variaciones sobre el diseño de Graubner, presentando como factible la posibilidad de una reconstrucción.
Al final, el proyecto original e Karl von Fischer fue elegido, despejado de los agregados de Leo von Kelnze durante su reacia recontrucción del teatro al igual que de otros camibos que tuvieran lugar en el siglo XIX. El trabajo de reconstrucción duró cinco años y costó 62 millones de Marcos. El 21 de noviembre, la compañía de la Baayerische Staatsoper, que mientras tanto había tenido su hogar en el Prinzregententheater – tomó posesión de su teatro.