En 1773 ou 1774, le théâtre San Benedetto du quartier de San Marco de Venise brûle et la noblesse de la ville décide de faire construire une nouvelle salle par l'architecte Gian Antonio Selva. Elle est inaugurée le 16 mai 1792 avec un opéra et un ballet I giuochi di Agrigento de Giovanni Paisiello.

Ce haut-lieu des cultures italiennes et européennes acquiert une grande renommée et présente des opéras, des pièces de théâtre, des ballets et des concerts de musique classique.

En 1832, le théâtre est détruit par les flammes et reconstruit à l'identique en 1836 par les architectes Giambattista et Tommaso Meduna et décoré par Tranquillo Orsi.

De 1820 à 1839, Francesco Bagnara y crée les décors des plus grands chefs d'œuvres de l'art lyrique italien (Lucia di Lammermoor, etc.) dont les esquisses sont conservées au Museo Correr. Dès 1844, Giuseppe Verdi y crée Hernani suivi de Attila, Rigoletto, La Traviata et Simon Boccanegra.

Après guerre, La Fenice occupe une place prépondérante dans l'opéra italien et accueille les œuvres modernes de Stravinsky, Britten, Prokofiev.

En 1996, alors que le théâtre est l'une des références mondiales de l'art lyrique, il est à nouveau détruit, le 29 janvier, par un incendie criminel. La ville de Venise, aidée par l'État italien, par l’Unesco et par d'importantes donations du monde entier, font, pour la troisième fois, renaître le théâtre de ses cendres à l'identique de son luxe d'origine après 8 ans de travaux et 60 millions d'euros.

Il est inauguré le 12 novembre 2003 avec La Traviata de Giuseppe Verdi, mise en scène par Robert Carsen.