Nachdem im Jahr 1774 das wichtigste Opernhaus Venedigs dem Feuer zum Opfer gefallen war, konnten sich die Betreibergesellschaft und die Patrizierfamilie, welche die Eigentümer waren, nicht über den Wiederaufbau einigen. Daraufhin beschlossen die Betreiber, ein eigenes Haus zu errichten. Die Bauarbeiten begannen im April 1790 unter der Leitung des Architekten Gian Antonio Selva. Die Oper wurde am 16. Mai 1792 eröffnet und in Anspielung auf die Brandkatastrophe "La Fenice" (italienisch für Phönix) benannt. La Fenice – Phönix – der Sonnenvogel, steht hier als Symbol für Wiedergeburt und Auferstehung und bietet einen deutlichen Bezug zur Lichtsymbolik der Aufklärungszeit. Die Bühne wurde schnell eine der bedeutendsten Italiens und Europas und erlebte zahlreiche Uraufführungen.
Bereits 1836 wurde das Haus neuerlich durch ein Feuer schwer beschädigt. Diese Schäden konnten innerhalb Jahresfrist behoben werden; der Ruf des Hauses blieb unverändert erhalten. Insbesondere Giuseppe Verdi wählte diese Bühne häufig für die Uraufführungen seiner Werke (Ernani, Attila, Rigoletto, Simon Boccanegra, La Traviata). Nach der Einigung Italiens 1870 wurden Mailand, Rom und Neapel verstärkt als Opernzentren gefördert, worunter die Bedeutung von La Fenice aber nie maßgeblich litt. 1883, zwei Monate nach Richard Wagners Tod (in Venedig), fand die italienische Erstaufführung seines vierteiligen Werks (Tetralogie) Der Ring des Nibelungen statt. 1937 wurde das Theater grundlegend durch den venezianischen Stadtbaumeister Eugenio Miozzi saniert. Nach dem Zweiten Weltkrieg erlebte das Haus im Rahmen der Musik-Biennale Venedigs einen neuerlichen Aufschwung. In diesem Umfeld wurde das Festival für zeitgenössische Musik veranstaltet, was auch wieder zu zahlreichen Uraufführungen Anlass gab (Igor Strawinski, Benjamin Britten, Sergei Prokofjew, Luciano Berio, Luigi Nono, Bruno Maderna, Sylvano Bussotti).
Ende des 20. Jahrhunderts folgte die nächste Katastrophe: Während Renovierungsarbeiten wurde am 29. Januar 1996 das Gebäude in Brand gesteckt, und brannte bis auf die Grundmauern nieder.
Da es um die Art der Wiedererrichtung Kontroversen gab, dauerte es einige Jahre, ehe der Neubau begonnen wurde. Schließlich wurde der im Wettbewerb 1997 ausgezeichnete Beitrag des Architekten Aldo Rossi umgesetzt. Dabei hielt sich Rossi an eine weitestgehend originalgetreue, anhand alter Fotos und Filmdokumente präzisierte Rekonstruktion, ergänzt um notwendige Funktionserweiterungen und Modernisierungen der Technik.
