Tras sus estudios de canto en el conservatorio de San Petersburgo, recibió su primer compromiso en el Teatro Stanislavsky de Moscú. En 2000 se trasladó al Staatstheater Nuremberg, donde desarrolló muchos papeles de su repertorio. Entre muchos premios, ganó el Concurso de Música ARD en 2003.

De 2005 a 2007 fue miembro del conjunto de la Deutsche Oper Berlin. Siguieron compromisos de invitados en los festivales de Aix-en-Provence y Bayreuth, entre otros, así como en numerosos teatros de ópera europeos. En 2007-2013 fue miembro permanente del conjunto de la Ópera de Stuttgart, donde todavía se la puede escuchar con regularidad. En 2009/10 cantó el Réquiem de Verdi con la Filarmónica de Berlín en el Festival de Pascua de Salzburgo bajo la dirección de Mariss Jansons y se la escuchó en la coproducción Rheingold de La Scala de Milán y la Ópera Estatal de Berlín bajo la dirección de Daniel Barenboim. También hizo apariciones especiales como Amneris Aida en Palermo y Hamburgo, como Alcina Orlando furioso en Santiago de Compostela y como Octavio en la Ópera Estatal de Baviera.

Desde 2013, Marina Prudenskaya forma parte del conjunto de la Ópera Estatal de Berlín, donde interpreta los papeles de Compositor Ariadne auf Naxos, Venus Tannhäuser y Eboli Don Carlo, entre otros. También actuó como invitada en Aida de Giuseppe Verdi en Valencia, Khovanshchina de Mussorgsky en Stuttgart, hizo su debut como Azucena en Il trovatore de Verdi en el Royal Opera House Covent Garden y regresó al Festival de Bayreuth como Waltraute Götterdämmerung.

En el escenario del concierto, Marina Prudenskaya se escuchó recientemente, entre otros, en la Missa solemnis de Beethoven dirigida por Sebastian Weigle, la 9.ª Sinfonía de Beethoven en Montpellier dirigida por Christian Arming y la Messa da Requiem de Verdi con la Rundfunk-Sinfonie-orchester Berlin bajo la dirección de Marek Janowski. .

En la temporada 2017/18, Marina Prudenskaya hizo su debut en EE. UU. debut en la Ópera Nacional de Washington como Amneris Aida, entre otros papeles. También se presentó en este papel en el Teatro Municipal de Santiago de Chile y el Teatro Real de Madrid. Además de las dos nuevas producciones, Hansel y Gretel con Sebastian Weigle y en la puesta en escena de Salome de Hans Neuenfels, así como la reposición Ariadne auf Naxos Compositor con Eun Sun Kim en el podio de la Staatsoper Unter den Linden Berlín, Marina Prudenskaya regresa al Festival de Bayreuth como Fricka Die Walküre. También se le puede escuchar en conciertos en París, Madrid y Weimar.

La temporada 2018/19 la llevó a Zúrich donde apareció en la nueva producción de Robert Carsen en el doble papel de Gertrud/Knusperhexe en Hänsel und Gretel de Humperdinck. En la nueva producción de Michael Thalheimer de Macbeth de Verdi, hizo su debut como Lady Macbeth en la Ópera Vlaamse de Amberes. De vuelta en el Teatro Real de Madrid, se la puede ver en el escenario real en el papel de Azucena en Il Trovatore de Verdi. En el escenario de su casa, la Staatsoper Unter den Linden, Berlín, se la podía ver y escuchar como Eufrates en el estreno mundial Babylon de Jörg Widmann y como Neris en Mèdèe de Cherubini, puesta en escena por Andrea Breth. En concierto se la pudo escuchar con Wesendock Lieder de Richard Wagner en la Casa da Musica de Oporto, en la Sala de Conciertos Tchaikovsky de Moscú interpretó Lied von der Erde de Gustav Mahler bajo la dirección de Vladimir Jurovsky y en el Kulturpalast Dresden interpretó Berlioz' Le nuits d'étèe bajo la dirección de Marek Janowski.

En la temporada 2019/20 se la verá como Amneris en Aída de Verdi en el escenario del Grand Theatre Genève. En la Ópera de Colonia se la escuchará como Azucena en Il Trovatore de Verdi en la producción de Dmitry Tcherniakov y en la Ópera Estatal de Viena bajo la dirección de Hartmut Haenchen estará en el escenario como Kundry en Parsifal de Richard Wagner. De vuelta en la Staatsoper unter den Linden, Berlín, se la puede escuchar en la nueva producción de Claus Guth bajo la dirección musical de Vladimir Jurowski como Marfa en Khovanshchina de Modest Mussorgsky.