Lorenzo da Ponte hieß ursprünglich Emmanuele Conegliano, war Jude und nahm seinen neuen Namen an, als sein Vater Geremia, ein Gerber und Lederhändler, im August 1763 in zweiter Ehe eine Christin heiratete, so dass auch dessen drei Söhne aus erster Ehe zum Katholizismus übertraten. Den Namen übernahm er vom damaligen Bischof von Ceneda, von dem er adoptiert wurde. Konvertierte Juden ließen sich im 18. Jahrhundert in Italien oft von katholischen Geistlichen adoptieren, um in der Gesellschaft aufsteigen zu können.

Da Ponte hatte bis zum Alter von 15 Jahren keinen regelmäßigen Schulunterricht bekommen, als er und sein Bruder Girolamo ins Seminar in Ceneda eintraten. Nach dem Tod des Bischofs von Ceneda im Jahre 1768 blieb Lorenzo zunächst ohne finanzielle Unterstützung und entschloss sich, Priester zu werden. 1769 zog er ins Priesterseminar von Portogruaro, wurde dort 1770 Lehrer für Rhetorik, 1772 stellvertretender Direktor und erhielt im März 1773 die Priesterweihe. Im Herbst desselben Jahres ging er nach Venedig, verliebte sich in eine Patrizierin und wurde 1774 Lehrer für klassische Literatur im nahe gelegenen Treviso. Wegen seiner Ansichten über die Naturgesetze wurde er dort im Jahre 1776 entlassen. Von der Republik Venedig wurde da Ponte am 17. Dezember 1779 wegen Ehebruchs und Konkubinats mit einer verheirateten Frau für 15 Jahre aus dem venezianischen Gebiet verbannt. 1781 kam er auf Vermittlung des Dresdner Hofpoeten Caterino Mazzolà in Kontakt mit Antonio Salieri, der ihm eine Stelle am Wiener Hof verschaffte. Bis 1791 arbeitete er dort als Textdichter für das italienische Theater. Er legte etwa 40 Libretti für eine ganze Reihe von Komponisten vor, darunter Antonio Salieri und Joseph Weigl. Berühmt wurde er für seine Texte zu Mozarts Opern Le nozze di Figaro (1786), Don Giovanni (1787) und Così fan tutte (1790).

Im Frühling 1791 verlor da Ponte wegen einiger Intrigen seine Stelle am Theater. Im Herbst 1792 reiste er über Prag (wo er Casanova besuchte) und Dresden nach London, wo er Italienisch unterrichtete und Libretti für eine italienische Operntruppe schrieb. Von dieser Zeit an war mit der 20 Jahre jüngeren Nancy Grahl eine Frau an seiner Seite. 1793 wurde da Ponte Impresario am King's Theatre. Von 1794 bis 1804 sind 28 Premieren von Werken verzeichnet, die auf seine Texte verfasst wurden, darunter zahlreiche Opern des Komponisten Peter von Winter.

Ab 1800 bekam da Ponte Schwierigkeiten mit einigen Gläubigern, weil er sich für Wechsel eines Parlamentariers verbürgt hatte und diese nicht gedeckt waren. Deshalb schickte er seine Familie 1804 nach Amerika, folgte ihr ein Jahr später und ließ sich zuerst in Pennsylvanien, später in New York nieder. Er versuchte sich in verschiedenen Geschäftszweigen.  1825 wurde er zum Professor für italienische Literatur am Columbia College in New York ernannt und veröffentlichte eine Reihe von Büchern in der eigenen Verlagsbuchhandlung. Höhepunkt seines Aufenthaltes in den USA war die Aufführung des Don Giovanni im Jahre 1825.

Ab 1830 setzte sich da Ponte verstärkt dafür ein, der Oper in Amerika zum Durchbruch zu verhelfen. Er konnte Sponsoren für den Bau des ersten Opernhauses in New York gewinnen. Finanziell rechnete sich dieses jedoch nicht, zumal das Gebäude 1836 abbrannte. Da Pontes Begräbnis wurde 1838 mit großem Pomp in der damaligen St. Patrickskathedrale (heute St. Patrick's Old Cathedral) begangen.