Le Staatsoper Unter den Linden est un des trois opéras de Berlin avec le Deutsche Oper Berlin et le Komische Oper Berlin.
Frédéric II de Prusse est le commanditaire de l'édifice d'origine. Les travaux de construction ont débuté en juillet 1741 avec ce qui était conçu pour être le premier volet d'un « Forum Fredericianum » (aujourd’hui la Bebelplatz). Bien qu'il ne soit pas entièrement achevé, l’opéra de cour (Hofoper) est inauguré avec une représentation de Cleopatra e Cesare de Carl Heinrich Graun, le 7 décembre 1742. Cet événement a marqué le début de 250 ans de coopération entre le Staatsoper et la Staatskapelle de Berlin, dont les racines remontent au xvie siècle.
En 1842, Gottfried Wilhelm Taubert crée la tradition des concerts symphoniques réguliers. La même année, Giacomo Meyerbeer succède à Gaspare Spontini au titre de directeur musical général. Felix Mendelssohn a également dirigé des concerts symphoniques cette année-là.
Le 18 août 1843, un incendie détruit le bâtiment d’origine. Reconstruit sur les plans de l’architecte Carl Ferdinand Langhans, il est inauguré l'automne suivant par une représentation de Ein Feldlager in Schlesien de Meyerbeer.
En 1849, on crée Die lustigen Weiber von Windsor d’Otto Nicolai, sous la direction du compositeur lui-même.
À la fin du xixe siècle et le début du xxe siècle, l'Opéra de Berlin a attiré de nombreux et illustres chefs d'orchestre, comme Felix Weingartner, Karl Muck, Richard Strauss et Leo Blech.
Après l'effondrement de l'Empire allemand en 1918, l'opéra a été rebaptisé « Staatsoper Unter den Linden » et la « Königliche Kapelle » est devenue « Kapelle der Staatsoper ».
Dans les années 1920, Wilhelm Furtwängler, Erich Kleiber, Otto Klemperer, Alexander von Zemlinsky, Bruno Walter occupent le poste de chef d'orchestre. En 1925, Wozzeck d’Alban Berg est dirigé par Erich Kleiber en présence du compositeur.
Après avoir fait l'objet d'une vaste rénovation, l’opéra est rouvert en avril 1928 par une nouvelle production de Die Zauberflöte. La même année, la célèbre basse russe Fédor Chaliapine et les Ballets russes de Serge Diaghilev avec le chef d'orchestre Ernest Ansermet sont invités. En 1930, Erich Kleiber dirige la première de Christophe Colomb de Darius Milhaud.
Toutefois, en 1934, lors de la première exécution des pièces symphoniques de Lulu d’Alban Berg par Kleiber, les nationaux-socialistes provoquent un scandale et le chef est contraint à l'exil.
Sous Hitler les musiciens Juifs sont exclus. Beaucoup de musiciens allemands associés à l'opéra sont partis en exil, y compris les chefs Otto Klemperer et Fritz Busch. Au cours du Troisième Reich, Robert Heger, Herbert von Karajan et Johannes Schüler ont été Staatskapellmeister.
Le 24 novembre 1938 Werner Egk dirige la première nuit de son opéra Peer Gynt. Le 18 décembre, Herbert von Karajan dirige Die Zauberflöte de Mozart. En 1939, Karajan monte Les Bourgeois de Calais de Rudolf Wagner-Régeny. Karajan fut Generalmusikdirektor du Staatsoper Unter den Linden entre 1941 et 1945. Le 21 octobre 1941, il dirige un concert symphonique avec la Staatskapelle à l’ancienne philharmonie. Cette année-là, l’opéra est bombardé. Le 12 décembre 1942, pour la réouverture, Wilhelm Furtwängler dirige Die Meistersinger von Nürnberg de Wagner.
En 1944, Joseph Goebbels proclame la « guerre totale ». Le Staatsoper est fermé. Le dernier spectacle (31 août) est Le Nozze di Figaro de Mozart sous la direction de Johannes Schüler. La Staatskapelle poursuit ses concerts symphoniques. Les 4 et 5 octobre, Karajan dirige la 8e symphonie de Bruckner.
Le 3 février 1945, le bâtiment est de nouveau détruit. Les concerts sont transférés à l'Admiralspalast et au Schauspielhaus. Le 18 février, Karajan effectue son dernier concert symphonique avec la Staatskapelle dans la salle Beethoven.
La seconde reconstruction prend beaucoup de temps, de 1945 à 1955. C’est de nouveau Die Meistersinger von Nürnberg qui est monté pour la réouverture.
Après la construction du mur de Berlin en 1961, l'opéra, quoique isolé, maintient un répertoire classique, romantique et contemporain.
La réunification allemande constitue une sorte de renaissance pour l’opéra d’État. Les œuvres baroques notamment sont mises à l’honneur : Cleopatra e Cesare, Crœsus Reinhard Keiser et Griselda Vivaldi. Ces ouvrages sont interprétés sur des instruments d’époque par le chef d'orchestre belge René Jacobs, avec l'Akademie für Alte Musik Berlin et le Freiburger Barockorchester.
Dans les années 1990, l'opéra est officiellement rebaptisé « Staatsoper Unter den Linden ».
En 1992, le chef d’orchestre Daniel Barenboim est nommé directeur musical. Au cours des Festtage 2002, il dirige un cycle Wagner en dix productions en collaboration avec le metteur en scène Harry Kupfer. Sa présence dans la maison a permis de lui donner très rapidement après la réunification un statut international ; Daniel Barenboim y assure également une saison de concerts beaucoup plus fournie que celles des orchestres d'autres opéras et y donne aussi des concerts en tant que pianiste.
L'opéra nécessite de lourds travaux de réparation : les fondations du bâtiment, sa façade fissurée, la machinerie, ainsi que la mise aux normes de sécurité, font l'objet d'un programme d'investissement de 239 millions d'euros, qui rend nécessaire la fermeture de l'établissement à partir de mai 2010. Des améliorations sont également apportées à l'acoustique de la salle, et à la visibilité de la scène.
Dès le mois d'octobre 2010, les représentations sont données au Schillertheater à Charlottenburg, aménagé spécialement pour recevoir les 120 musiciens et la technique de scène. Les travaux s'ont terminés en octobre 2017. Le théâtre a été rouvert en 2017 avec les nouvelles productions de Hänsel und Gretel de Humperdinck et L'incoronazione di Poppea de Monteverdi.
