El Winter Garden Theatre ha sido parte de la Shubert Organization por más tiempo que ninguno de sus espacios. Ocupa el lugar que ocupara el segundo American Horse Exchange, construído por William K. Vanderbilt en 1896, cuando Longacre (ahora Times Square) era el centro de comercio de caballos y carruajes. Para 1911, cuando los Shuberts alquilaron el Exchange, el caballo había dejado lugar al automóvil y escenarios legítimos estaban avanzando sobre la 42nd. Street. El Winter Garden fue convertido en teatro en 1911, y tuvo breves períodos como cine entre 1928 y 1933 cuando Warner Brothers lo alquiló y, nuevamente, en 1945 cuando estuvo dirigido por United Artists.
El arquitecto William Albert Swasey convirtió el existente edificio de comercio de caballos en un teatro convirtiendo el arenero de exposición en un auditorio con solo una galería, y decorándolo con motivos de jardines. El espacio existente dictó que Swasey diseñara un teatro inusualmente ancho (la boca de proscenio sigue siendo la más amplia de todos los teatros de la Shubert Organization), lo que acercó a la platea al escenario. Swasey dejó las vigas del Horse Exchange expuestas, cubrió el techo con tela en azul cielo, adornando tanto el techo como las paredes con celosías. Las guirnaldas y las hojas entrelazaron el frente y los arcos del proscenio de la caja. El escenario en un punto incluyó un tanque de agua, y durante su primera década tenía una pasarela extendida hacia el auditorio, apodada por el público como "El puente de Muslos"
Doce años después de que el teatro abriera, Herbert J. Krapp completó una renovación importante del interior, que eliminó la pasarela, bajó el techo y el arco de proscenio, y cubrió las vigas, agregando una elegante ornamentación y trayendo el teatro más en la línea del estilo Adamasque tradicional usado en otros espacios de Shubert. En 2001, luego que Cats cerrara, la arquitecta Francesca Russo supervisó una restauración multimillonaria del teatro, llevándolo al esplendor que viivó en la década del 1920.
El Winter Garden ha sido tradicionalmente un espacio para revistas y musicales. The Passing Show (la respuesta de los Shubert a las Ziegfeld's Follies) y casi todos los musicales de Al Jolson fueron presentados aquí. Luego de la muerte de Ziegfeld, ediciones de sus Follies fueron presentadas en el teatro en 1934, 1936, 1943 y 1947, introduciendo a artistas como Fanny Brice, Bobby Clark, Bob Hope, Eve Arden, Gypsy Rose Lee, Josephine Baker y Willie Howard.
Mary Martin protagonizó Peter Pan (1954), a lo que siguió el estreno mundial de West Side Story (1957) con Chita Rivera, Carol Lawrence y un equipo creativo que incluyó a Leonard Bernstein, Stephen Sondheim, Arthur Laurents y Jerome Robbins. La década de 1960 también fue testigo de un número de éxitos. A la cabeza de la lista se encuentran The Unsinkable Molly Brown (1960); Funny Girl (1964), que convirtiera a Barbra Streisand en una estrella; y Mame (1966) con Angela Lansbury.
En los 1970s, producciones tanto populares como de vanguardia fueron presentadas en el Winter Garden. Follies de Stephen Sondheim y James Goldman hizo ancla en la historia temprana del teatro como casa de revistas. Gypsy (1974) tuvo una reposición con Angela Lansbury, Stephen Sondheim y John Weidman presentaron su intransigente Pacific Overtures (1976) y Gilda Radner llegó a Broadway en Gilda Radner - Live from New York (1979). 42nd Street (1980) estrenó en el teatro antes de traspasar al Majestic. En 1982 estrenó Cats de Andrew Lloyd Webber, manteniéndose en cartel hasta septiembre de 2000, el segundo show con más tiempo en cartel en la historia de Broadway. Mamma Mia!, el musical basado en las canciones de ABBA, estrenó en 2001 y se mantuvo aquí hasta que en 2013 se transfiriera al Broudhurst Theatre. Recientemente el Winter Garden fue la casa de Rocky the Musical (2014), Wolf Hall (2015) y School of Rock, de Andrew Lloyd Webber (2015).
El teatro tiene una capacidad total de 1526 espectadores.