El teatro fue establecido por el arquitecto y dramaturgo John Vanbrugh, en 1705, como el Queen-s Theatre (Teatro de la Reina). Teatro legítimo no acompañado por música estaba prohibido por ley en Londres salvo en los dos teatros con patentes reales, así que rápidamente se convirtió en un teatro de ópera. Entre 1711 y 1739, más de 25 óperas de Handel se estrenaron allí, incluyendo Rinaldo, Rodelinda, Giulio Cesare in Egitto y Tamerlano. A principio del siglo XIX, el teatro fue la casa de la compañía de ópera que se mudaría al Teatro Royal, Covent Garden, en 1847, y presentó las primeras funciones en Londres de La Clemenza di Tito, Così fan Tutte y Don Giovanni, de Mozart. También alojó el Ballet del Teatro de Su Majestad a mediados del siglo XIX, antes de volver a dar lugar a las premieres londinenses de óperas célebres como Carmen de Bizet y el ciclo El Anillo del Nibelungo de Wagner.

El nombre del teatro cambia con el sexo del monarca. Inicialmente se llamó Queen’s Theatre (Teatro de la Reina), con permiso de la reina Anne. Cambió entonces a King’s Theatre (Teatro del Rey) en 1714 con la ascensión de George I. Cambió de nombre a Her Majesty’s Theatre in 1837, con la coronación de la Reina Victoria.  Fue conocido como His Majesty’s Theatre en el reinado de Edward VII y desde 1952 hasta la actualidad mantiene el nombre de Her Majesty’s Theatre, en honor a Elisabeth II.

Hubo tres edificios anteriores que se erigieron en ese terreno. Los dos primeros fueron destruídos por sendos incendios y finalmente en 1892 fue demolido el tercero para hacer lugar al edificio presente. Este edificio fue diseñado por Charles J. Phipps y fue construido en 1897 por el actor y empresario Herbert Beerbohm Tree, que estableció la Royal Academy of Dramatic Art en el teatro. En las primeras décadas del siglo XX, Tree realizó producciones espectaculares de Shakespeare y otras obras clásicas, y el teatro fue lugar de estreno de obras importantes como las de George Bernard Shaw, J.M. Synge, Noël Coward y J. B. Priestley. Desde la Primera Guerra Mundial, el amplio escenario ha hecho al teatro apropiado para producciones a gran escala de musicales. El teatro ha sido hogar de producciones musicales que han roto los records de permanencia en cartel, especialmente el éxito de la Primera Guerra Mundial Chu Chin Chow y la producción actual de The Phantom of th Opera de Andrew Lloyd Webber, que permanece en cartel de forma contínua desde 1986.

El teatro tiene una capacidad de 1216 localidades, y el edificio fue protegido en Grado II por English Heritage en enero de 1970.