Compositor y Director de Orquesta. Era el menor de dieciocho hermanos y nació después de fallecido su padre. Su enseñanza musical provino tras haber demostrado buena disposición hacia la música y por el hecho de tener un cuñado violinista: Julián Gil, quien le dio sus primeras lecciones, continuadas después con el compositor José Calvo y con J. Soriano Fuentes. Este animó al muchacho a trasladarse a Madrid, cosa que realizó hacia 1850; allí estudió en el Conservatorio con Hilarión Eslava y Pedro Albéniz. Fue violinista de la orquesta del Teatro Real y luego dirigió las orquestas de varios teatros madrileños: el Novedades, el Lope de Vega, el Del Circo y el Español. En estos años compuso sus primeras obras, generalmente breves piezas orquestales y fantasías sobre temas de óperas italianas, género con el que se familiarizó plenamente.

Sin embargo, cuando decidió iniciar su carrera teatral, optó por el género zarzuelístico. Eran los años en que éste estaba adquiriendo un inesperado auge tras un siglo de completo olvido y Fernández Caballero se unió al grupo de compositores que, en Madrid, infundieron nueva vida al género. Su primera zarzuela, Tres madres para una hija se estrenó en el Teatro Lope de Vega de Madrid en 1854; al año siguiente estrenó La Vergonzosa en palacio y a partir de 1856 empezó a producir con gran fecundidad varios títulos cada año, entre los que se destacaron en éste primer período del Madrid isabelino Llegar y besar el santo y La Reina Topacio en 1861, y algunos títulos en colaboración con Cristóbal Pudrid y con algunos otros compositores. Entre las obras firmadas con Pudrid cabe destacar El Caballo Blanco (1861) y Juegos de Azar (1862).

En 1864 viajó a la isla de Cuba donde residió siete años como director de una compañía de zarzuelas y fue pedagogo musical. Regresó a Madrid en 1871 ante la difícil situación política de la isla y reemprendió su carrera como compositor teatral. En esta segunda etapa logró un éxito inicial con La Gallina Ciega (1873), pero la zarzuela que verdaderamente le dio fama definitiva fue La marsellesa con texto de Miguel Ramos Carrión, estrenada en el Teatro de la Calle de Jovellanos de Madrid en 1876. En esta obra, basada en un episodio imaginario situado en plena revolución francesa, Manuel Fernández Caballero presenta ya plenamente formado su estilo brillante próximo a la opereta, a la sazón en boga en Europa, con elegantes valses, sus sentidas romazas y sus concertantes bien ritmados. Este carácter universal y perenne de su música explica supervivencia en el repertorio de zarzuelas con varias obras.

Otro título que ha permanecido en el repertorio hasta la actualidad es Los Sobrinos del Capitán Grant, homónimo a la célebre novela de Julio Verne, estrenada en 1877 en el madrileño teatro del Circo también con texto de Miguel Ramos Carrión.

Siguieron en 1878 Los Negros Catedráticos y El Salto del Pasiego, ésta última con texto de Luis Eguiláz que había fallecido ya cuando se estrenó la obra en el Teatro de la Zarzuela de Madrid. Es una obra compleja situada en el reinado de Carlos IV y tiene una acción llena de truculencias siendo una de las mejores partituras del compositor que, sin embargo, acabó desapareciendo del repertorio por las incongruencias de su argumento.

Siguieron unos años en los que la producción de Fernández Caballero se resiente quizás un tanto de su mismo carácter político y de las colaboraciones con otros compositores para musicalizar textos sin interés. Pueden citarse títulos como El Corpus de Sangre (1879), La Niña Bonita (1881), El Gran Tamorlán de Persia (1882) en colaboración con el compositor Miguel Nieto, etc. En estos años también viajó a Lisboa y a países de América del Sur para dirigir algunas de sus obras.

En 1887 y dentro del llamado género chico, se destacó con Chateaux Margaux estrenada en el Teatro de Variedades de Madrid. Esta pieza con texto de José Jackson Veyán, alcanzó una popularidad extraordinaria a la que no fue ajena la presencia de un famoso vals de la borrachera en la partitura.

La última etapa de la actividad de Fernández Caballero fue tal vez la más destacada, a pesar de que en esta época (Que corresponde más o menos al último decenio del siglo XIX) se vio aquejado de cataratas y tuvo que dictar en sus últimos años las obras a su hijo Mario. Efectivamente de éste período datan sus obras más afianzadas en el repertorio habitual: El Dúo de La Africana (1893), El Cabo Primero (1895), La Viejecita (1897) y Gigantes y Cabezudos (1898).

En 1902 leyó su trabajo “Los Cantos Populares Españoles” como discurso de ingreso en la Academia de Bellas Artes de Madrid para la que había sido elegido en 1891 pero su casi total ceguera le había impedido hacerlo hasta entonces.

En 1904 se le rindió un expresivo homenaje con motivo del cincuentenario del estreno de su primera producción teatral. Falleció en Madrid el 26 de febrero de 1906.