El teatro fue creación del empresario teatral Emanuel Schikaneder de Viena. La compañía de Schikaneder ya había desarrollado varias temporadas en un teatro más pequeño, Theater auf der Wieden (donde Die Zauberflöte fue estrenada). Se le había concedido una licencia imperial en 1786 para construir un teatro nuevo, pero fue sólo en 1798 que se sintió preparado para aprovechar esta autorización, empujado por la necesidad de su compañía de enfatizar la importancia de escenografía en los espectáculos. El edificio fue diseñado por el arquitecto Franz Jäger; la construcción se terminó en 1801. El teatro se abrió el 13 de junio de aquel año con un prólogo escrito por Schikaneder, seguido por la ópera Alexander de Franz Teyber. 

El Theater an der Wien fue diseñada en estilo Imperio. Sólo se conserva una parte del edificio original: la "puerta de Papageno" es un monumento a Schikaneder, quien representó el rol de Papageno en Die Zauberflöte, un papel escrito especialmente para él. Se le muestra con sus tres hijos, que representaron a los Tres Niños de la misma ópera.

Como teatro prominente en una ciudad artísticamente vital, el Theater an der Wien ha sido el lugar de estrenos de numerosas obras de teatro y música que se prolongan hasta nuestros días, entre las cuales tenemos: Fidelio, la 2º, 3º, 5º y 6º sinfonía de Beethoven, Die Fledermaus, Die Lustige Krieg, Der Zigeunerbaron, Die Lustige Witwe, entre otras. 

La sala experimentó una edad de oro durante la prosperidad de la opereta vienés, y desde 1945 a 1955, fue uno de los hogares temporales de la Ópera Estatal de Viena, cuyo edificio propio había sido destruido por el bombardeo aliado durante la Segunda Guerra Mundial.

En 1955, el Theater an der Wien fue cerrado por razones de seguridad. Languideció sin uso por varios años, y por los años 60, surgió la amenaza de que sería convertida en un parque de estacionamiento (era la misma era de la "renovación urbana", la que en Estados Unidos casi destruye el Carnegie Hall). Afortunadamente, en 1962 el teatro encontró un nuevo y acertado papel para sí mismo como sede para el teatro musical contemporáneo. Muchos musicales en inglés han tenido sus estrenos alemanes ahí. En 1992, el musical Elisabeth (sobre la emperatriz austrohúngara Sissi, esposa de Francisco José I, libreto de Michael Kunze y música de Sylvester Levay), fue estrenado ahí.

En 2006, aniversario de Mozart, el Theater an der Wien nuevamente abrió sus salas para la ópera.