Desarrolla  una importante labor como director de ópera y Zarzuela dirigiendo producciones de La Bohème, Tosca, Madama Butterfly, Il Barbiere di Siviglia, La Traviata, Un Ballo in Maschera, Così fan Tutte, Il Trovatore, Don Pasquale, Lucia di Lammermoor, Mefistófeles, Carmen, Norma que han sido presentadas en los más importantes teatros de España. En el campo de la Zarzuela, ha colaborado con las más importantes Compañías nacionales tanto en el repertorio clásico como en el reestreno y recuperación de obras poco representadas; Mis dos mujeres, Gloria y peluca, El relámpago, El dominó azul habiendo grabado en DVD algunas de ellas para el sello Iberautor. Ha presentado
el género en China y Vietnam
Su gran interés por la música de nuestro tiempo le ha llevado a realizar una importante cantidad de estrenos mundiales y de grabaciones de obras de autores españoles y americanos. En Santa Fe (Argentina) crea los “Encuentros de Compositores Hispanoamericanos”    y desde 2004   colabora con el Núcleo Música Nueva de Montevideo y la orquesta del SODRE en el estreno de música latinoamericana. En los últimos cinco años colabora asiduamente en diferentes proyectos con la Orquesta de la Comunidad de Madrid. Así mismo es creador y director de la Orquesta de Cuerdas “Atelier Gombau” con repertorio de obras esenciales de la música contemporánea internacional y de la composición actual española para esta formación.‐ 
Desde 1990 hasta 1995 ha sido profesor titular de la Orquesta Nacional de España.‐ 
Como Director invitado en Europa, América y Asia dirige orquestas con las que mantiene un estable vínculo artístico; Orquesta  Sinfónica de la RTVE,  Orquesta de la Comunidad de Madrid, Orquesta Sinfónica Pablo Sarasate, Orquesta Municipal de Oviedo,  Orquesta Sinfónica Ciudad de Málaga, South Carolina Symphony Orchestra, Symphony of Americas (Florida), Orquesta Sinfónica Municipal de Caracas, Orquesta Sinfónica de Maracaibo, Orquesta Sinfónica de Rosario, Orquesta Sinfónica Nacional de El Salvador, Orquesta de la Universidad de Monterrey, National Academy
Kazashstan y Shanghai Symphony Orchestra.

Desde 1995 hasta el 2002 Carlos Cuesta ha sido Director titular de la Orquesta Sinfónica de Santa Fe, alcanzando un alto nivel artístico al que contribuyen sus grabaciones   internacionales (“Cantata Martín Fierro” de Juan José Castro y “América Llamando”  ‐Villalobos, Chávez, Copland

y Ginastera‐), así como estrenos mundiales de obras hispanoamericanas. En el 2001 recibe el "Primer Premio Nacional a la Excelencia Artística y Profesional" en Argentina.

Es en la actualidad Principal Director Invitado de la Orquesta Filarmónica de Hanoi (Vietnam) y mantiene una permanente actividad en la escena española tanto en el repertorio sinfónico como en el lírico.